En ejercicio de su función constitucional de vigilancia de la gestión fiscal, la Contraloría General de la República adelantó en el mes de julio de 2025 un operativo de policía judicial en la Nueva EPS con el fin de recaudar información técnica, administrativa, jurídica y financiera no disponible en los sistemas de información que administra la Superintendencia Nacional de Salud y ante la carencia de estados financieros certificados y dictaminados.

Como parte de esta actuación, se realizaron entrevistas, inspecciones, toma de evidencias físicas e imágenes forenses correspondientes a las vigencias 2022, 2023, 2024 y primer semestre de 2025.

El análisis preliminar de los datos permite a la Dirección de Información, Análisis y Reacción Inmediata (DIARI), generar una alerta por las presuntas irregularidades relacionadas con el incremento de anticipos, el represamiento de facturas sin auditar, el aumento de cuentas por pagar, falencias en la contratación de prestadores y deficiencias en la constitución de reservas técnicas.

El análisis preliminar detectó un incremento significativo en los anticipos pendientes por legalizar entre las vigencias 2023 y 2024, pasando de $ 3,4 billones a $ 8,6 billones, lo que equivale al 155 %, variación significativa que afecta la situación financiera de la EPS.

La Contraloría evidenció un crecimiento acelerado en los anticipos pendientes por legalizar en lo corrido de la vigencia 2025, pues al corte de junio se acumulan $6,6 billones adicionales frente al total reportado durante la vigencia 2024, pasando de $ 8.6 billones a $ 15.27 billones, situación que compromete la liquidez institucional y aumenta el riesgo de un posible detrimento patrimonial, especialmente aquellos que superan los 2 años por valor de $ 143 mil millones.

Con corte a junio de 2025, se encontró un saldo elevado de anticipos pendientes por legalizar por $ 5,7 billones correspondiente a la vigencia 2024, lo que evidencia que una parte significativa de los recursos girados en ese periodo aún no han sido legalizados.